Недостачу можно относить к внереализационным расходам только при документальном подтверждении со стороны уполномоченных органов об отсутствии виновных в этом лиц

Минфин в письме от 06.07.2015 № 03-03-06/1/38849 указал, что потери (недостачи) сверх норм естественной убыли могут быть учтены в составе материальных расходов в целях налогообложения прибыли только при документальном подтверждении со стороны уполномоченных органов об отсутствии виновных в этом лиц.

Министерство финансов РФ
письмо от 06.07.2015 № 03-03-06/1/38849

"Об учете для целей налога на прибыль потерь сверх норм естественной убыли"

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо по вопросу учета расходов для целей налогообложения прибыли организаций и сообщает следующее.
Согласно подпункту 2 пункта 7 статьи 254 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ) к материальным расходам приравниваются в том числе потери от недостачи и (или) порчи при хранении и транспортировке материально-производственных запасов в пределах норм естественной убыли, утвержденных в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.
Учитывая положения подпункта 2 пункта 7 статьи 254 НК РФ, потери сверх норм естественной убыли не могут быть учтены в составе материальных расходов в целях налогообложения прибыли.
При этом согласно подпункту 5 пункта 2 статьи 265 НК РФ к внереализационным расходам приравниваются расходы в виде недостачи материальных ценностей в производстве и на складах, на предприятиях торговли в случае отсутствия виновных лиц, а также убытки от хищений, виновники которых не установлены. В данных случаях факт отсутствия виновных лиц должен быть документально подтвержден уполномоченным органом государственной власти.

Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Р. СААКЯН